針對大量用水之水井處置，水利署原則分為已取得水權之合法水井及未核准登記之違法水井兩部分：1.合法水井部分位於嚴重地層下陷地區及高鐵沿線特定範圍內之大用水量合法水井，為防治地層下陷及達到地下水保育管理之減抽地下水目標，由地方政府依水利法第47條之1規 定，對已取得水權之水井，逐年減少其水權量，而已有其他地面水或供水系統提供替代水源情形者，則輔導改以替代水源用水，並廢止其水權。

2.違法水井部分違法水井處置及地下水超抽問題，涉及國土利用、產業發展與水資源供應等因素，係產業用水(如農業與養殖業)需求遠大於有限之地面水資源，致需抽用地下水甚而超抽，為問題之癥結。考量處置作為影響產業發展及民眾生計，位於嚴重地層下陷地區及高鐵沿線特定範圍內之大用水量違法水井，由地方政府依水利署訂定「違法水井處置策略」之「新增違法水井即查即填、既有違法水井分兩階段處置」原則辦理優先填塞。