地層下陷係因超抽地下水所致，目前生活、農業及工業等標的用水均有抽用地下水之情形，但由水井調查資料顯示，農業用水井數量最多、比例最高。農業抽取地下水雖於漫灌、蓄養過程有部分回補至淺層地下水層，然而，位於地下水含水層上游地區之淺層抽水，將影響中下游各地下水層之補注水量，當回補量低於抽水量，或抽深層地下水回補淺水層，可能導致較深土層之地層下陷問題；另外，因高鐵墩柱基樁為摩擦樁，淺層抽水造成基樁負摩擦力仍為高鐵墩柱間差異沈陷影響因素之一。基此，對於違法水井，水利署不分使用標的或深度，均要求主管機關(直轄市及縣市政府)一視同仁加以填塞。