水利署除定期依據「地下水管制辦法」及「地下水管制區劃定作業規範」檢討、公告地下水管制區外，已於「地下水管制辦法」修正草案中增訂「嚴重地層下陷地區」及「特定重大公共建設一定範圍」劃定及管制規定。

茲區分「全面取締違法水井」及「限制水權井抽水量」兩部分說明如后。

1.全面取締違法水井有關新增違法水井處置部分，除與縣市政府達成即查即填共識外，另已研訂新增違法水井獎勵金核發作業要點並請各縣市政府增加設置巡守人力，俾以避免違法新井持續增加；既有違法水井部分，則因違法水井之存在涉及農業耕種制度、土地使用轉型等問題，非本署層級得以處理，故考量民眾生計，需由縣市政府擬定違法水井處置配套對策與建議計畫提報行政院核定後實施，以利分期分類處置。現階段水利署將持續督促縣市政府以「新增違法水井即查即填，既有違法水井分兩階段處置」為處置原則，加強辦理違法水井處置工作，避免加劇地下水之抽用。

2.限制水權井抽水量
為落實水利法對地下水管制區內地下水開發應有不同管制強度之規定，本署現已完成地下水管制辦法草案，修正重點為，

(1)地下水管制區內分為「限制汲水地區」、「嚴重地層下陷地區」及「特定重大公共建設一定範圍」各類不同之區位，以明確區分不同之地下水管制區位，並分別規範其地下水開發限制及禁止之管制事項。

(2)「限制汲水地區」內容許有條件抽用地下水，限制地下水開發，「嚴重地層下陷地區」內原則上禁止地下水開發，「特定重大公共建設一定範圍」，專指高速鐵路沿線兩側一定範圍內，則全面禁止地下水開發，包括工程用點井，以避免因抽取地下水，影響高鐵正常營運。