1. 鑑於高鐵公司屢屢反映地層下陷導致營運安全疑慮，水利署爰與農委會執行「雲林縣境高鐵沿線3公里寬範圍內公有合法水井封移實施計畫」(95年～97年)，共封停3公里範圍內自來水公司、水利會及台糖公司所屬共69口水井，對減緩高鐵沿線地區之地層下陷已有相當助益。另為降低沿線地區用水需求，亦已請農委會將 高鐵沿線地區列為平地造林及休耕重點獎勵區域，以減抽地下水，降低對高鐵正常營運之影響程度。

2.依水利署逐年大地環境檢測及高鐵局提供高鐵沿線墩柱沈陷資料，目前高鐵雲林路段差異沈陷情形雖已超逾1/1,500設計警戒值，然由交通部高鐵局與台灣高鐵公司之評估顯示，目前之地層下陷情形仍在結構設計容許範圍內，不影響行車安全。水利署除持續監控本地區下陷變化情勢外，並已函請彰化、雲林縣政府積極處置違法水井，及輔導高鐵路段鄰近地區之合法水井減抽水量，或協助另覓替代水源或遷廠，以降低對高鐵正常營運之影響。

此外，水利署針對抽用地下水造成地層下陷對高鐵之影響，已建議交通部高鐵局評估建立管理規範，交通部除將持續監督台灣高鐵公司對高鐵橋墩沉陷之監控外，當線形變形超出容許規定時，高鐵公司尚可採取諸如調整軌道墊片、支承墊，或暫時限速等必要之應變方案。

台灣高鐵公司於2019年3月表示，自2003年起委託工業技術研究院（工研院）定期辦理沿線地層下陷監測作業，同時持續針對軌道平整度進行檢測。2018年監測報告日前完成，數據顯示四處過往有異常沉陷路段的沉陷幅度均趨緩，且橋墩間角變量發展均在容許範圍內，營運安全無虞。將持續監測，並視需要辦理預防性維護工程，以確保安全。